МРТ головного мозку при розсіяному склерозі виконується за протоколом MAGNIMS, який включає аксіальні та сагітальні FLAIR-зображення, Т2-зважені зображення, Т1-зважені зображення для виявлення «чорних дір», а також дифузійно-зважену послідовність. Цей протокол оптимізований для виявлення та характеристики демієлінізуючих вогнищ у перивентрикулярній, юкстакортикальній та субтенторіальній зонах.
Дослідження застосовується як для первинної діагностики розсіяного склерозу, так і для регулярного моніторингу активності захворювання та оцінки ефективності хвороборемоделюючої терапії.