МРТ головного мозга при рассеянном склерозе выполняется по протоколу MAGNIMS, который включает аксиальные и сагиттальные FLAIR-изображения, Т2-взвешенные изображения, Т1-взвешенные изображения для выявления «чёрных дыр», а также диффузионно-взвешенную последовательность. Этот протокол оптимизирован для выявления и характеристики демиелинизирующих очагов в перивентрикулярной, юкстакортикальной и субтенториальной зонах.
Исследование применяется как для первичной диагностики рассеянного склероза, так и для регулярного мониторинга активности заболевания и оценки эффективности болезньмодифицирующей терапии.