МРТ головного мозку при епілепсії виконується за спеціалізованим протоколом, спрямованим на виявлення структурних причин судомних нападів. Протокол включає об'ємні Т1-зважені зображення, тонкозрізові корональні зрізи гіпокампу, режим FLAIR та зважені по магнітній сприйнятливості послідовності.
Такий підхід значно підвищує чутливість діагностики мезіального темпорального склерозу, фокальної кортикальної дисплазії, каверном та інших епілептогенних вогнищ порівняно зі стандартним МРТ голови.