При проведенні МРТ і рентген виходять зображення внутрішніх органів, які використовуються для діагностики різних захворювань. В цьому схожість даних методів закінчується. При рентгенографії використовується рентгенівські промені, які чинять негативний вплив на організм. Принципова відмінність МРТ в тому, що для візуалізації за допомогою радіохвиль з частою, істотно нижчою за ту, яка потрібна для негативного впливу на організм.

Велика різниця є і у вартості проведення дослідження за допомогою цих методів. Рентген – дуже доступний метод, в той час як проведення МРТ коштує досить дорого. Зате за допомогою МРТ можна діагностувати навіть ті патології, які мають розміри в кілька міліметрів, в той час як за допомогою рентгена помітити невеликі патологічні зміни можна не завжди.